Jonathan Cuénoud est chef adjoint de la Section du droit international humanitaire et de la justice pénale internationale au sein de la Direction du droit international public (DDIP) du Département fédéral des affaires étrangères (DFAE).
Il a notamment été conseiller juridique principal en droit international humanitaire auprès de la Mission permanente de la Suisse auprès de l'Office des Nations Unies et des autres organisations internationales à Genève. Avant de rejoindre le DFAE, il a travaillé comme collaborateur juridique au Comité international de la Croix-Rouge (CICR) et au sein du Service de liaison pour la Suisse et le Liechtenstein du Haut Comissariat des Nations Unies pour les réfugiés (UNHCR).
Il est titulaire d’un Master en droit international et européen de l’Université de Neuchâtel (Suisse) ainsi que d’un LL.M. en droit international humanitaire de l’Académie de droit international humanitaire et des droits humains de Genève.