Le 31 août 2004, le Japon a déposé un instrument d'adhésion à chacun des deux Protocoles additionnels du 8 juin 1977 aux Conventions de Genève du 12 août 1949 relatif à la protection des victimes des conflits armés intérnationaux et non-intérnationaux (Protocole I et II). Á la même date, le Japon a également déposé une déclaration relative à sa reconnaissance de la compétence de la Commission Internationale Humanitaire d'Établissement des Faits, conformément à l'article 90 du premier Protocole.
Les deux Protocoles entreront en viguer pour le Japon six mois après le dépôt de son instrument d adhésion le 28 février 2005.
Le Japon est ainsi le 68ème Etat qui a reconnu la Compétence de la Commission Internationale Humanitaire d Établissement des Faits.